中国政府网于2010年12月14日正式公布《国务院办公厅关于建立健全基层医疗卫生机构补偿机制的意见》。这是继本月初鼓励社会资本兴办医疗卫生机构、建立和规范基本药物采购机制等文件发布之后的第三份深化医药卫生体制改革配套性文件。
　　国务院医改领导小组办公室负责人表示，去年8月份以来，全国已有50%的基层医疗卫生机构实施了基本药物制度，实行药品零差率销售，彻底改变了基层医疗卫生机构“以药养医”的机制，明显减轻了群众用药负担，但同时基层医疗卫生机构出现了较大收支缺口。因此，必须同步落实补偿政策，建立稳定的补偿渠道和补偿方式，保证基层医疗卫生机构的平稳运行和发展，调动基层医疗卫生机构和医务人员的积极性，确保基本药物制度顺利实施。
　　据悉，在《补偿机制》中，提出了调整基层医疗卫生机构收费项目、收费标准和医保支付的政策，并将此作为基层医疗卫生机构补偿渠道之一。该负责人指出，这样设计主要是为了发挥医保对基层医疗卫生机构的补偿作用，增加医疗机构收入而又不加重群众负担。同时引导基层医疗卫生机构主动调整服务行为，通过提高服务数量和质量获得更多补偿，并逐步改变基层药物滥用、超范围医疗的现状。
    意见中提出基层医疗卫生机构现有挂号费、诊查费、注射费(含静脉输液费，不含药品费)以及药事服务成本合并为一般诊疗费，实行“一费制”。简化合并收费项目方便患者就医，也便于监管。对一般诊疗费设计统一的收费标准，也使基层医疗卫生机构最常见的诊疗流程，挂号、就诊、拿药、打针均执行相同的收费标准。这样设计主要是为了引导基层医疗卫生机构逐步转变基层门诊输液率偏高、抗生素激素滥用的现状，为患者提供适宜的药品、适宜的服务和适宜的技术。一般诊疗费收费标准和医保支付政策将同步调整。一般诊疗费的收费标准在原来分项相加的基础上适当调整。调整后的一般诊疗费在不增加群众现有个人负担的前提下，合理确定医保支付比例。具体的收费标准和医保支付政策综合考虑本地区各种因素制定。
　　《补偿机制》明确，基层医疗卫生机构实施基本药物制度后，各地首先按照核定的编制人员数和服务工作量，参照当地事业单位工作人员平均工资水平核定工资总额。政府负责其举办的乡镇卫生院、城市社区卫生服务中心(站)按国家规定核定的基本建设经费、设备购置经费、人员经费和其承担公共卫生服务的业务经费。按扣除政府补助后的服务成本制定医疗服务价格，体现医疗服务合理成本和技术劳务价值，并逐步调整到位。此外，还明确不降低基层医务人员合理收入，医务人员工资水平与当地事业单位平均工资水平相衔接，同时，实施基本药物制度的基层医疗卫生机构的绩效工资制度同步落实到位。建立多劳多得、优绩优酬的分配机制，重点向关键岗位、业务骨干和作出突出贡献的工作人员倾斜，适当拉开收入差距。
　　国务院医改办相关负责人同时表示，政府补助的渠道主要有以下几个方面：其一，落实政府对基层医疗卫生机构现有的专项补助经费。基本建设和设备购置等发展建设支出，由政府根据基层医疗卫生机构发展建设规划足额安排，并为基本公共卫生服务建立稳定的经费保障机制。其二，对落实政府专项补助和调整服务收费后，基层医疗卫生机构经常性收入不足以弥补经常性支出的差额部分，由政府在年度预算中予以足额安排，实行先预拨后结算，并建立起稳定的补助渠道和长效的补助机制。各地根据政府卫生投入政策结合本地实际制定经常性收支核定和差额补助的具体办法。具备条件的地区可实行收支两条线。